Egitto, Seconda guerra mondiale. Il caporale inglese John Bramble (Franchot Tone), si ritrova, dopo la ritirata alleata, in un hotel occupato da Rommel (Erich von Stroheim) e le sue Afrika Korps: si fingerà un cameriere e, dopo una serie di peripezie, scoprirà i cinque segreti che permettono ai tedeschi di essere così invincibili in battaglia.

Il secondo film da regista di Billy Wilder in America (l'esordio vero fu Amore che redime, girato in Francia nel 1934) è, a tutti gli effetti, una pellicola di propaganda militare per accompagnare l'intervento statunitense nel secondo conflitto mondiale. Tuttavia, rispetto ad altre opere simili, magari girate in Russia o in Italia, ne I cinque segreti del deserto si avverte che dietro la cinepresa c'è un grande regista e non il Ministero per la Stampa e la Propaganda: Wilder riesce infatti a fondere con eleganza le esigenze militari con un registro da commedia avventurosa assai efficace e, non di rado, divertente. Il tema del travestimento, già presente nella precedente opera Frutto proibito (1942) e leitmotiv di tutta la sua filmografia, qui viene piegato ai fini della trama militaresca in modo professionale, assurgendo presto a vero cardine narrativo di tutto il film. Erich von Stroheim gigioneggia nei panni di Rommel.