In un futuro imprecisato, il giovane e povero Tetsuro ruba un biglietto per il treno Galaxy Express 999, viene braccato dalle autorità e poi salvato dalla misteriosa Maetel, che diventa sua alleata e lo aiuta nella sua missione: ottenere un corpo meccanico per essere immortale e uccidere il Conte Meccanico, come vendetta per l'omicidio della madre. Tratto dal manga e dalla serie tv omonimi di Leiji Matsumoto, ambientato nello stesso universo di Capitan Harlock (il più celebre manga sempre di Matsumoto) con cui ha diversi personaggi in comune (Harlock compreso), il film d'esordio di Rintarō risulta eccessivamente prolisso e datato, sia per il tratto che per le animazioni. Tuttavia, per l'epoca, ha rappresentato un interessante compromesso tra fumetto e animazione, puntando su un surrealismo oscuro capace di misurarsi con l'innocenza infantile del protagonista (e di molti spettatori). Una space opera che però ha più influenzato l'animazione televisiva che quella cinematografica, con i suoi sviluppi narrativi meccanici (sceneggiatura del grande Kon Ichikawa) e il suo infantilismo apparente, con personaggi macchiettistici e un'indole poco distante dalla serie tv.