Michael Padovic (John Malkovich) viene ospitato nell'ex convento di Arrabida, insieme alla moglie Hélène (Catherine Deneuve), per condurre alcune ricerche documentali sulle vere origini di Shakespeare, presunto ebreo spagnolo. Il guardiano Baltar (Luís Miguel Cintra), attratto da Hélène, tenterà di distrarre Michael affiancandogli l'aiuto della bella bibliotecaria Piedade (Leonor Silvera). Tratto dal romanzo As terras do risco di Agustina Bessa-Luís e ispirato al Faust di Goethe, I misteri del convento oltrepassa il confine di ambiguità tra reale e immaginario solitamente cavalcato da de Oliveira e si immerge in un'atmosfera dichiaratamente mefistotelica e sibillina, in cui i (pochi) personaggi vengono attratti dall'abisso dell'oscurità rappresentato dal diabolico Baltar (un inedito Luís Miguel Cintra). Nella sua prima esperienza con nomi internazionali, il regista portoghese inciampa, oltre che nel multilinguismo implicato, nel rovesciamento di un doppio bergmaniano in cui i due ruoli femminili, interpretati dalla Deneuve e dall'immancabile Silveira, risultano presenze sbiadite che si minacciano e si confondono, senza incontrarsi mai. Un esiguo motivo di fascino traspare solo dagli spazi ancestrali intorno al convento, tra il sacro e profano, tra l'infernale e il terreno. I protagonisti si muovono in una dimensione letteraria e filosofica fin troppo urlata e, a conti fatti, inconcludente nel dipingere i tentativi dell'essere umano di raggiungere l'agognata immortalità.