In un piccolo sobborgo americano, all'ombra della società Black Box dove tutti gli abitanti lavorano, vive Toe Thompson (Jimmy Bennett), ragazzino desideroso unicamente di fare nuove amicizie. Preso di mira dai bulli della scuola, un giorno Toe trova una pietra dai colori dell'arcobaleno che sembra esaudire ogni desiderio. Per quanto Robert Rodriguez abbia voluto dedicare parte del suo lavoro alla realizzazione di film per ragazzi con encomiabile costanza, il divario tra ambizioni iniziali e risultato finale appare a dir poco impietoso. Anche Il mistero della pietra magica non può essere promosso a pieni voti, nonostante l'evidente sforzo per aumentare il livello qualitativo rispetto alla maggioranza delle pellicole precedenti del regista (inerenti allo stesso filone, in primis Missione 3D – Game Over, del 2003, e Le avventure di Sharkboy e Lavagirl in 3D, del 2005). Tecnicamente, infatti, i passi avanti sono evidenti soprattutto nell'utilizzo della computer graphic finalmente integrata al resto della pellicola in maniera accettabile. Lo script, beneficiando di una struttura rapsodica che permette a Rodriguez di non seguire l'ordine cronologico degli eventi, appare gradevole. I problemi risiedono nell'estrema infantilità della storia, anche per il target al quale il film si rivolge, e in una morale chiara e limpida fin dei primi minuti proposta però a più riprese fino ai titoli di coda.