Brunilde è una bambina-pesce che viene salvata da Sōsuke su una spiaggia; il ragazzino la ribattezza Ponyo e la porta a casa con sé. Determinata a restare con il suo piccolo amico, ruba la magia al padre per diventare umana, ma così facendo scatena uno tsunami.

Il mare è per la cultura giapponese un nemico terribile e, allo stesso tempo, l'amico più prezioso: per questo Hayao Miyazaki ha voluto raccontarne l'ambivalenza in questo film, in assoluto quello visivamente più ancorato (all'interno della sua opera) alla tradizione illustrata nipponica. Le onde del mare che si accavallano e si inseguono, ipnotiche e terribili a un tempo, sembrano uscite da una stampa di Hokusai e il mondo acquatico è ritratto in modo stilizzato e bidimensionale. Se le suggestioni folkloristiche e lo stile sono molto affascinanti, il punto debole è proprio il personaggio di Ponyo, bambina capricciosa e un po' petulante. Grazie a un finale magico, con l'intervento della mamma di Ponyo (nientemeno che lo spirito stesso del mare), però, ogni debolezza viene facilmente perdonata. Il soggetto è ispirato a un racconto breve della scrittrice giapponese Rieko Nakagawa, illustrato da Yuriko Yamawaki.