Quattordici anni dopo il rischio del Third Impact, Shinji si sveglia dal coma e si ritrova a metà tra due fazioni opposte: da una parte un esercito comandato da Misato, del quale fanno parte anche Asuka e Mari, dall'altro la piccola base terrestre del padre. Quest'ultimo abita in mezzo alle rovine di Neo-Tokyo insieme al braccio destro Fuyutsuki, una nuova Rei priva dei ricordi degli eventi precedenti, e il misterioso Kaworu Nagisa, il quale sembra essere l'unico a capire Shinji. Dopo il finale di Evangelion: 2.0 You Can (Not) Advance (2009), i fan della serie Neon Genesis Evangelion si sarebbero aspettati di tutto, considerato il definitivo distacco dalle linee guida della serie. Il team di Hideaki Anno ha preso l'episodio ventiquattro e ne ha allungato il brodo con un'imbarazzante carica di romanticismo omoerotico, inserendolo in un contesto narrativo diverso e completamente sballato: il regista riprende esteticamente i momenti più allucinati e ispirati della serie, ma con uno stile tutto nuovo, risultando, come gli altri due film ma forse in maniera più evidente, un'opera di sola grafica dal contenuto ben nascosto.