I combattimenti tra gli Eva e gli Angeli continuano con alcune pause pacifiche, e a Neo-Tokyo giungono, come nuovi piloti, la inglese Mari Illustrious Makinami e la tedesca Asuka. Mentre Shinji cerca di avvicinarsi alla sempre più umana Rei, una strana entità sulla Luna sembra influenzare i movimenti degli Angeli sulla Terra. Secondo capitolo di una saga di remake poco fedele alla serie Neon Genesis Evangelion (1995-1996), che prende una strada ben distinta e separata da quella del film precedente, compromettendone l'autenticità con ammiccamenti spesso pseudo umoristici alla sfera semantica e ai simbolismi visivi. Eccede nell'uso della CGI ma, dal punto di vista estetico, si fa perdonare tutto, con un finale denso di epica che aiuta a elevarne parzialmente l'originalità, messa continuamente a rischio anche da continue parentesi fuori contesto piazzate per ingraziarsi i fan.