Snake Eyes è un membro solitario del gruppo militare anti-terrorismo G.I. Joe. Quando salva la vita dell'erede legittimo di un clan antico e segreto del Giappone, l'Arashikage, Snake Eyes viene addestrato secondo le tecniche dei guerrieri ninja e trova finalmente un posto cui appartenere, un posto da poter chiamare casa. Ma quando alcuni segreti sul suo passato vengono a galla, l'onore e le fedeltà di Snake Eyes verranno messi a dura prova, anche se questo significa perdere la fiducia di chi gli è più vicino.