Un alieno dalle sembianze umane (Brad Dourif) racconta la sua fallimentare missione sul pianeta Terra, dove insieme ad altri suoi simili ha cercato di comunicare e integrarsi con gli esseri umani. Il racconto è accompagnato da immagini di repertorio dello spazio e della natura terrestre, che illustrano in chiave astratta il racconto dell'alieno.

Werner Herzog allestisce uno delle sue opere più ambiziose, tornando nei territori del cinema sperimentale e della videoarte che aveva già sfiorato nei lontanissimi anni '70 con Fata Morgana (1971). L'ignoto spazio profondo è, infatti, un film di fantascienza a tutti gli effetti, girato tuttavia solo attraverso l'utilizzo di filmati di repertorio (riprese della Nasa e altre effettuate sotto il pack polare), ossia come un documentario. Il dialogo, a volte grottesco a volte sublime, tra voice over, immagini e musica (sempre interessanti le scelte in materia di Herzog, che questa volta pesca addirittura i canti sacri del coro di Orosei) risulta ammaliante e spesso ipnotico, facendosi anche riflessione cinefila sul potere del cinema di falsificare e manipolare il reale. Un poema fantascientifico straniante e coraggioso in cui il cineasta tedesco arriva ad affermare attraverso la costruzione immaginifica e le suggestioni visive come l'essere umano sia, di fatto, un antieroe destinato inevitabilmente alla sconfitta (quindi profondamente herzoghiano) dinnanzi alla provvisorietà della sua esistenza e all'immensità dell'universo, estensione di una natura da sempre indifferente alle sorti dell'uomo. Forse a tratti leggermente ermetico, ma in buona sostanza il film un'esperienza visiva e intellettuale stimolante e sorprendente.